Advertisement

通过clusterProfiler执行GO富集分析

阅读量:

欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》!

Cluster Profiler 是一个非常强大的 R 包,并且能够进行 GO 和 KEGG 的富集分析;此外,在可视化的方面表现也非常出色;本章将详细介绍如何利用该 R 包来进行 Gene Ontology 的富集分析。

在执行GO分析时

packages organism
org.Ag.eg.db Anopheles
org.At.tair.db Arabidopsis
org.Bt.eg.db Bovine
org.Ce.eg.db Worm
org.Cf.eg.db Canine
org.Dm.eg.db Fly
org.Dr.eg.db Zebrafish
org.EcK12.eg.db E coli strain K12
org.EcSakai.eg.db E coli strain Sakai
org.Gg.eg.db Chicken
org.Hs.eg.db Human
org.Mm.eg.db Mouse
org.Mmu.eg.db Rhesus
org.Pf.plasmo.db Malaria
org.Pt.eg.db Chimp
org.Rn.eg.db Rat
org.Sc.sgd.db Yeast
org.Ss.

全部评论 (0)

还没有任何评论哟~