ATAC-seq及其相关的测序技术（包括DNase- seq、MNase- seq和NOMe- seq）的发展

ATAC-seq技术及相关技术的发展

本文中对其原理以及优点与缺点进行了综述

在我们了解的情况下, CHIP-seq技术即为染色质免疫共沉淀质谱技术,它主要通过已知蛋白,特别是目的转录因子结合蛋白,实现与该转录因子结合的相关DNA片段筛选.随后在后续步骤中进行扩增处理,以识别出该转录因子可能作用于的目标基因.这种方法通常面临局限性明显存在：

这种方法得以发现特定转录因子作用于限定数量的靶基因；然而该方法无法覆盖整个染色体组中所有受蛋白保护的区域。

文章中提到的DNase-seq主要用于DNA水解酶1作用于基因组上具有DNA水解酶敏感特性的位置。其中该过程具体表现为首先通过该水解酶对目标基因组片段进行处理，并将经过处理后的片段导入PCR扩增装置中进行扩增操作。最终通过测序分析这些片段的最大值区段即可确定这些区域通常由蛋白质所保护

这种方法的优缺点是
优点

• 该方法相对简便, 便于构建实验平台, 已被广泛应用于多种细胞类型, 并且对于切割误差已有深入认识；
• 基于测序数据结果间接推断出核小体及转录因子作用位点

缺点:

• 此种方法很难控制最佳