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建模专题1:石墨烯、氧化石墨烯及多种纳米材料体系的构建方法

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前言

针对石墨烯、氧化石墨烯、碳纳米管以及富勒烯等纳米材料体系的构建方式与相关工具,已有多种方法可供选择。本文仅介绍一种当前最为简便高效的实现路径,该方法无需任何专业背景知识,仅需掌握基础的计算机操作技能,即可完成对上述结构模型的搭建过程。

1.建模工具应用与分析

1.1.石墨烯及氧化石墨烯在线创建工具

1.1.1.主要功能特点:

该在线工具由李继存老师(其官方署名为:哲科文)开发,主要功能是生成适用于gromacs模拟的石墨烯及氧化石墨烯结构文件。用户获取该文件后,可借助vmd软件将其转换为.pdb、.xyz、.mol等多种格式,从而满足其他计算模拟软件的需求。

  • 具备中心空洞生成功能,支持输出.gro格式的gromacs结构文件
  • 提供原子类型与空洞类型的设定选项
  • 集成平移参数设置,便于构建层错模型
  • 内置在线预览功能,并兼容多种视图模式
在这里插入图片描述

(图1:在线工具初始运行时所呈现的界面)

1.1.2. 示例

构建石墨烯结构:

![在这里插入图片描述](https://c

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