RNA-seq 上游分析练习 2 数据下载.trim-galore.hisat2.samtools.featureCounts

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  • 一、获取数据

  • 二、质量控制与过滤

  • • 1.检测数据质量
    • 2.执行数据质量控制
    • 3.对已处理的数据进行二次QC

  • 三、序列比对操作

  • • 1.采用hisat2进行比对
    • 2.使用flagstat验证比对结果

  • 四、利用featureCounts进行定量分析

前言说明——本内容为转录组分析前期步骤的实际操作指南。整体流程主要涵盖以下四个阶段：

1. 数据获取（涉及sra格式数据、参考基因组以及对应的注释文件）
2. 质量评估与过滤（借助trim-galore完成质控，通过fastqc与multiqc工具开展质量评估）
3. 序列比对（采用hisat2软件实现）
4. 定量分析（使用featureCounts工具完成）

软件安装

具体操作流程请参阅
RNA-seq——一、Linux软件安装

配置与安装conda

    wget -c https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
    bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
    source