六倍体小麦基因组

第一个接近完整的六倍体小麦基因组

今天在生物信息学预印本平台bioRxiv上看到了一篇刚上线关于小麦基因组研究的论文。论文标题为《The first near-complete assembly of the hexaploid bread wheat genome,Triticum aestivum》。

当我看到文章的作者及所属单位时

两者均基于取自中国四川的小麦品种'中国春'这一遗传材料进行了测序研究。在IWGSCv1.0版本中仅依赖于第二代测序技术中的reads数据构建数据库，并未引入PacBio平台的相关数据。通过整合Hi-C图谱数据与群体遗传学分析结果, 最终将所有测序信息综合分析后构建了完整的染色体级别序列图谱。一个显著的问题便是存在较大的缺失区间, 这与其仅采用第二代测序技术中的reads数据有关, 导致无法全面覆盖高GC含量区域并跨越了高度重复区域。另一个问题是重建出的整体基因组完整性有所欠缺, 这个版本仅有14.79Gb的数据量, 远低于预期值17Gb

相较于IWGSCv1.0版本，在序列连续性方面较前者有了显著提升。研究资料显示，在contig层面的连续性提升了24倍，并成功构建了一个大基因组总量