对ATAC-seq原理与现有技术的分析

染色质可及性与调控表观基因组分析

在正式展开叙述之前，有必要先对本文后续将涉及的几种染色质可接近性技术进行简要介绍，主要包括早期的DNase-seq技术以及ATAC-seq技术。
首先，针对染色质可接近性的评估方式
通常情况下，染色质的可接近性是通过检测其甲基化状态及对DNase的敏感程度来衡量的。早在1973年，Hewish及其研究团队便利用DNA内切酶对染色质进行切割处理，发现核小体在整个基因组中呈现出周期性的超敏反应特征。这表明在染色体上存在一些对DNA酶具有高度敏感性的区域，这些区域内的DNA并未被组蛋白包裹，从而暴露在外。这些DNA超敏感位点展现出一定的周期规律性，切割后的DNA片段长度通常集中在100-200bp范围内，这也进一步验证了核小体作为染色体基本结构单位的存在。

首次大规模应用染色质可接近性技术的方法出现在2006年，在两项研究中首次报道了开放染色质在基因组范围内的测量方法。该方法通过将从天然染色质中分离出的DNA酶切片段与覆盖人类基因组约1%的平铺微阵列进行杂交分析。这种方法也被称为最早的DNase-seq技术，并借助短读长测