Sambamba: process your BAM data.

Sambamba: process your BAM data faster!

当处理体积庞大的（超过100G）bam文件时，排序过程不仅耗时漫长，通常需要耗费一天或更久的时间，而且最终结果还可能出现错误，例如下述错误信息所示。经过实际测试发现，Sambamba在这一方面表现较为出色，能够显著减少所需时间。随着所接触的数据量持续增加，原本看似简单的任务如今也需要投入大量时间来完成。这不仅仅是因为数据量变大的缘故！

    [bam_sort_core] merging from 3288 files...
    [E::hts_open_format] fail to open file 'CS_RNA_seq.sorted.bam.tmp.1020.bam'
    [bam_merge_core] fail to open file CS_RNA_seq.sorted.bam.tmp.1020.bam
    
      
      
      
    

1、下载地址

https://github.com/lomereiter/sambamba/releases

2、安装

将相关内容复制到全局环境变量路径中即可

3、使用

4、视图设计与实现

sambamba-view - tool