gff3转换
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由gmap软件生成的gff3格式文件无法直接作为gffcompare工具的输入数据，因此必须进行格式转换。转换过程较为简单，仅需移除其中的target字段即可完成。
#!/usr/bin/env python
# -*- coding: utf-8 -*-
__author__ = 'shengwei ma'
__author_email__ = 'shengweima@icloud.com'
with open('LYL_5A.gff3', 'r') as f:
for line in f:
line1 = line.strip().split('\t')
if line1[2] == 'gene':
print line,
if line1[2] == 'mRNA':
print line,
if line1[2] == 'exon':
new = line1[8].split(';')
print '%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s;%s;%s\n' %(line1[0], line1[1], line1[2],l全部评论 (0)
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