SRA、Fastq等多种文件的数据库获取

忽略时间限制的低效方法

寻找sra下载地址

Aspera传输速度优化

安装

建议在conda环境中进行安装

    conda activate
    conda install -c bioconda sra-tools=2.9.6
    conda install -c hcc aspera-cli=3.7.7  #最好下载指定版本，否则可能出现不兼容的问题
    
    
      
      
      
    

确定合适的下载来源后，发现此前常用的NCBI网站ftp.ncbi.nlm.nih.gov已无法正常访问，且NIH服务器中已不再包含sra-instant这一文件夹。因此，推荐用户前往ENA网站，输入对应的SRR编号，即可获取相关链接，并找到所需的项目信息，具体操作如下：

此处仅提供fastq格式文件的下载方式，需对下载链