生信脚本练习(11)随机输出fastq序列
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本练习的目标是从fastq格式的文件中随机抽取n条序列,并将其保存至新的fastq文件中。
- 首先需要对文件进行一次读取操作,统计其中包含的序列总数,并将该数值命名为count。
- 接下来,在该数值范围内生成一个随机数。
- 然后再次读取文件,同时设置一个计数器count2。当count2与生成的随机数相匹配时,将对应的序列信息保存下来(每次连续保存四行内容)。
为何count与count1的数值存在差异??
count=128,count1=129???
# 8.11
# 随机选出5条fastaq序列,
# 先得知道一共有多少序列,才能做到随机取出
import random
with open('Test1.fastq') as f:
count = 0
while True:
line = f.readline()
if line.startswith('@'):
count += 1
if len(line) < 1:
break
num = random.sample(range(count),5)
print(num)
rand
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