培养新技能树单细胞GBM数据分析(SignleR与Seurat结合分析及注释细胞簇)
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针对单细胞测序分析的相关内容,本文主要借鉴了生新技能树团队所发布的文章及代码,其中部分内容为个人的理解与思考,在此对生新技能树团队的无私分享表示诚挚的感谢。当然,本篇文章也参考了诸多其他相关帖子,所有引用内容及对应链接将在相应位置予以标注,方便读者进一步学习。
当前单细胞分析技术种类繁多,其中SignleR和Seruat是较为常用的两种方法。此前我们曾对Seruat官网提供的分析流程进行了初步探讨,本次内容则重点结合SingleR与Seruat两种工具对单细胞数据进行注释。整个分析流程主要包括
1. 数据的读取和整理
数据的下载和读取
rm(list=ls())##清空环境变量
### 1、下载、探索、整理数据----
## 1.1 下载、探索数据
#https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE84465
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# 读取文件耗时比较长,请耐心等待
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