生信学习:Fasta与Fastq格式文件的Shell练习(附详细答案解析)
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题目目录
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- 1. 对reads_1.fq 文件中所包含的序列条目数量进行统计
- 2. 提取reads_1.fq文件中所有以@符号作为起始字符的标识符信息
- 3. 获取reads_1.fq文件中所有序列内容,即每个序列对应的第二行数据
- 4. 输出‘+’符号及其后附加描述信息,对应每个序列的第三行内容
- 5. 提取质量值数据,即每个序列第四行的信息
- 6. 统计reads_1.fq 文件中包含N碱基的读段总数
- 7. 计算reads_1.fq 文件内所有序列中碱基的总数量
- 8. 统计所有读段中N碱基的数量总和
- 9. 计算在reads_1.fq 文件中测序质量值正好为Q20的读段数目
- 10. 计算在reads_1.fq 文件中测序质量值正好为Q30的读段数目
- 11. 分析并统计在reads_1.fq 中所有序列第一个碱基对应的ATCGNatcg分布情况
- 12. 将原始格式为fastq的 reads_1.fq 转换为fasta格式并保存为 reads_1.fa
- 13. 统计上述生成后的 **
- 1. 对reads_1.fq 文件中所包含的序列条目数量进行统计
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