生信脚本练习(12):计算Fasta文件中各序列长度并绘制统计图表
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题目要求是要从一个fasta文件中统计出每条序列的长度分布,并作图。
以下为相关代码实现:
import os
import getpass
import matplotlib.pyplot as plt
usr = getpass.getuser()
os.chdir('c:/Users/' + usr + '/Desktop')
seq_len = {}
# 把fasta文件全部读取做成字典,键是带‘>’的那一行,值是序列
def readfasta(filename):
fa = open(filename, 'r')
res = {}
ID = ''
for line in fa:
if line.startswith('>'):
ID = line.strip('\n')
res[ID] = ''
else:
res[ID] += line.strip('\n')
return res
seq = readfasta('Test1.fa')
# 做成另外一个字典字典,键是带‘
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