cluster ConsensusClusterPlus包

ConsensusClusterPlus包是R语言中用于实现共识聚类分析的一种途径。

其主要包含三个阶段：第一，进行数据预处理；第二，执行分析流程；第三，生成共识结果。

• 1-数据输入

对于输入数据并无特殊限制，其中列代表样本，行代表基因，并且应为经过标准化处理的表达矩阵。

需要特别指出的是，该软件包在默认设置下会采用中位数绝对偏差（MAD）作为评估标准，筛选出top5000个高变基因进行后续分析，从而实现更优的聚类分群效果（这一过程与单细胞分析具有相似之处）。用户可根据实际需求自行决定所选基因数量及筛选方式，因为本步骤所应用的是传统的R统计方法，而非该软件包内嵌的集成化指令。

 library(ALL)

    
 data(ALL)
    
 d=exprs(ALL)
    
 d[1:5,1:5]
    
  
    
 mads=apply(d,1,mad)
    
 d=d[rev(order(mads))[1:5000],]
    
 d = sweep(d,1, apply(d,1,median,na.rm=T))