reverse录转座子insertion time calculation: 计算原理

转座子（Transposable elements, TEs），亦称作转座元件，属于一类特殊的DNA序列，能够通过转录或逆转录机制，在内切酶的催化作用下，从染色体的一个位置迁移至另一个位置。依据其转座机制的不同，转座子可被划分为三类[1]：
I型转座子又称为反转录转座子（retrotransposon） ，在进行转座时，首先以DNA为模板合成一段mRNA，并以此mRNA为模板反转录生成cDNA，在整合酶的参与下将其插入基因组中的新位置。
II型转座子又称作转座元件（transposon） ，在转座酶的作用下，从原有的位置脱离后，再重新整合至染色体的其他区域。
Helitrons类转座子 是近年来被发现的一种新型类型，其具有典型的5’TC以及3’CTRR末端结构，并且在3’末端上游约15~20bp的位置存在一个茎环结构，该结构作为其转座过程中的终止信号。此类元件通过滚环机制完成其转移过程。

根据是否拥有长末端重复序列（Long terminal repeats, LTRs），反转录转座子又可以进一步细分为LTR-RTs（Long terminal repeat-retrotransposons）和non-LTR-RTs两类。其中后者还可继续分为短散在重复序列（SINE）与长散在重复序列（LINE）。本文主要探讨LTR-RTs插入时间的计算方法。