使用Gromacs进行分子动力学蛋白模拟及药物开发中的溶剂筛选
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| 名称 | 内容 |
|---|---|
| 基础理论 | 1 分子模拟基础理论 1.1 统计力学理论概述 1.2 主要算法介绍：最速下降法、共轭梯度法、有限差分法 1.3 力场、力场类型、参数和分类：AMBER、CHARMM、MMX、CVFF、OPLS 1.4 基础知识：积分迭代器、积分步长选取、温度控制、压力控制、周期性边界条件 1.5 模拟基本流程：能量最小化、NVE弛豫、NVT控温、NPT控压、MD平衡模拟 1.6 计算化学基本概念：范德华表面、分子表面、接触表面、溶剂可及表面、势能面 |
| 程序入门 | ****2 GROMACS程序入门——****学会编译方法，安装自己的GROMACS可执行程序，并运行一个例子。 2.1 版本/安装/运行 •Linux入门操作及方法 •并行介绍和环境搭建 •win版、linux版编译安装及运行 •win版下使用linux系统编译安装及运行GROMACS程序 2.2 各种文件介绍：PDB、GRO、TOP/ITP、XVG、MDP 2.3 力场概念、分类及力场参数修改：——探究力场具体形式，为以后创建自己体系做准备，以OPLS为例，力场的各种参数说明及修改 |
| 生物体系建模与TOP文件构建 | ***3生物体系建模——掌握 |
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