CellCall结合细胞间L-R通讯与细胞内TF信号转递

CellCall功能特点：

1，通过整合细胞间ligand-receptor通讯机制与细胞内部transcriptional factor表达模式，构建出L-R-TF轴结构。

2，具备通路活性分析能力，能够评估两种细胞相互作用所引发的受体细胞内通路状态的改变。

• 1-安装

 library(devtools)

    
 devtools::install_github("ShellyCoder/cellcall")
    
    
    
    
    AI写代码R
    
    运行

• 2-细胞间信号传递分析

2.1-数据导入

数据结构设定为：行代表基因符号，列则为index_celltype的表达矩阵。需要注意的是，列名中不得包含逗号、句号或横线，仅允许使用“”作为连接符。下划线前的部分表示细胞编号，后半部分则对应细胞类型（通过注释获得）。在调用CreateNichConObject()函数时，设置names.field=2以及names.delim=""的含义即为按照下划线进行分割，并将分割后的第二部分作为细胞类型的标识。表达量数据既可以采用原始计数形式，也可以使用TPM值进行表示。

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