完成第10次生信脚本练习:找出Fasta文件中最大的转录体
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TRINITY_DN3760_c0_g2_i1 len=284 path=
这是一段fasta格式文件的典型示例。
在该文件中,TRINITY_DN3760_c0_g2被用作基因标识符。
可以确认,TRINITY_DN3760_c0_g2与TRINITY_DN3760_c1_g2代表的是两个不同的基因。
至于i1与i2,则分别表示该基因对应的两个不同转录本。当前任务是筛选出每个基因对应的最长转录本,而较短的转录本则予以排除。
# 17.8.11
import os
import re
os.chdir("c:/")
def readfasta(filename):
fa = open(filename, 'r')
res = {}
ID = ''
for line in fa:
if line.startswith('>'):
ID = line#.strip('\n')
r
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