生信脚本练习(6):读取或分析各个位置的CG分布
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这是另一道题目,同样涉及CG含量的计算,
不过此次任务是分析一个fastq文件中每个read位点的CG分布状况
该解决方案采用逐行读取文件的方式,具有较高的代码简洁性与效率
number = {}
buffer = 200
for i in range(buffer):
kkk = i
number[kkk] = 0
with open("Test1.fastq","r") as f:
line_number = 0
while True:
line = f.readline()
line_number += 1
if line_number % 4 == 2 :
for i in range(len(line)):
kkk = i
if line[kkk] == "C" or line[kkk] == "G" :
number[kkk] = 1 + number[kkk]
else:
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