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生信脚本练习(6):读取或分析各个位置的CG分布

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这是另一道题目,同样涉及CG含量的计算,
不过此次任务是分析一个fastq文件中每个read位点的CG分布状况
该解决方案采用逐行读取文件的方式,具有较高的代码简洁性与效率

复制代码
    number  = {}
    buffer = 200
    for i in range(buffer):
    kkk = i              
    number[kkk] = 0 
    with open("Test1.fastq","r") as f:
    line_number = 0
    while True:       
        line = f.readline()
        line_number += 1        
        if line_number % 4 == 2 :             
            for i in range(len(line)):
                kkk = i 
                if line[kkk] == "C"  or line[kkk] == "G" :
                    number[kkk] = 1 + number[kkk] 
                else:

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