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去除了内含子后的结果整理和提取目标序列

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通过软件exonerate生成的比对结果可知,若希望获取与目标序列匹配的部分,需对输出内容进行相应处理。

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    Command line: [./exonerate INPUT/UN029382.fa INPUT/scaffold125532.fa --model est2genome --showtargetgff TRUE --showvulgar no --showalignment yes --alignmentwidth 200 --bestn 1 --verbose 2]
    Hostname: [node009]
    
    C4 Alignment:
    ------------
         Query: UN029382
        Target: scaffold125532 [revcomp]
         Model: est2genome
     Raw score: 6062
       Query range: 0 -> 1336
      Target range: 23867182 -> 23861353
    
        1 : ATCTGTTGCCCTCGCCCTTCGCAATGGCCTCCTCCTCCTCTGTCTCCCGTCCGCGGAAGCGTCCCGCCGCCGTCGCCTTTTCT

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