Extract User-Defined Region from a Chromosome Fasta File
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Extract User Defined Region From An Chromosome Fasta File
在小麦基因组中的一条染色体上至少存在约500MB的序列信息,我们希望获取某一特定区域的序列仍然具有较大难度。除了现有的samtool工具能够实现这一功能外,今天我发现了一个基于Python编写的脚本pyfaidx,其操作相对便捷且易于上手。
首先安装
pip install --user pyfaidx #安装在自己账户的 $HOME/.local/bin/faidx
sudo pip install pyfaidx #需要权限，安装在/usr/local/bin/faidx输入命令 faidx 默认返回使用帮助
faidx
$ faidx
usage: faidx [-h] [-b BED] [-o OUT]
[-i {bed,chromsizes,nucleotide,transposed}] [-c] [-r]
[-a SIZE_RANGE] [-n | -f] [-x] [-l] [-s DEFAULT_SEQ]
[-d DELIMITER] [-g REGEX | -v] [-m | -M]全部评论 (0)
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