Cell-Cell Communication Inference and Analysis - 基础章节 针对特定条件的分析
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cellchat包含两个必要的参数：基因表达数据表和细胞标签。其中，基因表达数据表基于其列名代表不同的细胞群，并经过标准化处理，并对数据取对数。该cell标签是以dataframe的形式存在。每行标注着具体的细胞类型名称，并以第一列存储着对应的细胞标签信息。
从seurat v3 object中提取cell chat 所需要的两个输入文件：
data.input <- GetAssayData(seurat_object, assay = "RNA", slot = "data") # normalized data matrix
labels <- Idents(seurat_object)
meta <- data.frame(group = labels, row.names = names(labels)) # create a dataframe of the cell labels
AI写代码R
运行 library(CellChat)
library(patchwork)
options(stringsAsFactors = FALSE)
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