RNA-seq（第三章）：使用Hisat2进行序列比对

步骤

• 1. 获取相应的index文件
  • 2. 进行序列比对操作
  • 3. 使用samtools工具：将sam格式文件转换为bam格式文件
  • 4. 将生成的bam文件导入至IGV软件中

实施比对操作的原因：https://www.jianshu.com/p/681e02e7f9af

Jimmy老师重点展示了四种用于比对的工具，具体包括hisat2、subjunc、bowtie2以及bwa。其中，只有subjunc可以直接输出bam格式文件，其余几种工具在使用方式上具有较高的相似性。用户应依据自身实际需求来选择合适的软件进行操作。
在此过程中，以hisat2作为示例进行详细说明。

1. 下载对应的index

为何需要下载index：https://www.jianshu.com/p/681e02e7f9af
Hisat2官方下载地址为：https://daehwankimlab.github.io/hisat2/download/。由于网络限制，需借助梯子工具，并使用Edge浏览器进行下载，整个过程大约需要一小时。随后将文件导入服务器，这一操作同样耗时约一小时，着实令人头疼！！！

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