应用clusterProfiler对KEGG进行富集分析

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KEGG pathway是功能注释领域最常用的数据库之一, 通过调用KEGG的API可获取单个物种内所有基因的功能注释信息, 其中针对human物种的API链接如下

http://rest.kegg.jp/link/hsa/pathway

通过该链接可以获得以下内容

    path:hsa00010 hsa:10327
    path:hsa00010 hsa:124
    path:hsa00010 hsa:125

本表的第一列为 pathway 编号（即 path identifier），第二列为 gene partially annotated（即 gene identifier）。此处仅提供 pathway 编号（即 pathway identifier），同时还需要与每个 pathway 对应的详细描述信息（即 pathway description）。此外可以通过以下 API 链接获取

http://rest.kegg.jp/list/

通过该链接可以获得如下内容

    path:map00010 Glycolysis / Gluconeogenesis
    path:map00020 Citrate cycle (TCA