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bioinformatics脚本练习(2)计算其反向互补序列

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作为生信练习的一个简单案例,在DNA分析中经常需要对一段碱基序列进行操作。特别提示:在处理此操作时,请特别注意其中使用的join函数及其作用机制。

复制代码
    #求反向互补序列
    lll = []
    with open("Program1.txt","r") as f:
    seq = f.readlines()
    
    seq = seq[1]
    print(seq)
    print("\n")
    seq = seq[50:101]
    print("截取:",seq)
    seq = seq[::-1]
    print("反向:",seq)
    
    for i in seq:
        if i =="A":
            lll.append("T")
        if i =="T":
            lll.append("A")
        if i =="C":
            lll.append("G")
        if i =="G":
            lll.append("C")
    
    print ("互补:","".join(lll))

这种循环结构的功能与...相同。
创建一个包含这些字符串的列表。
设置为空

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