second-generation sequencing short-read mapping new choice: Magic-BLASt

Magic-BLAST serves as a tool for aligning large next-generation RNA and DNA sequencing runs in relation to the entire genome or transcriptome.

在过去的某个时间段内，在NCBI网站上发现了BLAST发布了一个新的版本（new series）。该软件的基本功能与传统的BLAST体验高度一致（consistent）。此外，在需要处理较长片段时（long fragment mapping），例如 EST（Expressed Sequence Tags），用户可以根据需求进行相应的设置（adjustments）。建议根据具体情况进行参数优化设置（parameter optimization）。

1、下载

官网下载（ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/magicblast/LATEST）

我获取的是编译后的产品。安装后需要配置magicblast和makeblastdb为系统全局变量路径。

2、使用

对习惯于使用BLAST的人来说操作十分简便。实际上无需预先建立reference序列数据库,只需导入fasta格式的序列文件即可.具体而言,操作步骤如下:首先导入