Scillus single-cell illustrations from Seurat
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devtools::install_github("xmc811/Scillus", ref = "development")
绘制图形时所使用的相关包及函数，建议查阅帮助文档中的parameter参数说明。
- 初始步骤
(1)样本数据
输入数据的格式具有多样性，既可以是符合10x标准的三个输出文件，也可以是已进行分群注释的Seurat对象。本次操作将以读取csv.gz格式的数据作为示例。
(2)元数据
在单细胞RNA测序分析中，通常会有多个样本和多个组别各自对应的文件。scillus在导入这些数据时会生成相应的多个Seurat对象，因此需要创建一个元数据框架。该框架至少应包含两列信息：一列为样本名称，另一列为对应的文件或文件夹路径。
library(tidyverse)
a <- list.files("your/path/to/sample/data/GSE128531_RAW", full.names = TRUE)
m <- tibble(file = a,
sample = stringr::str_remove(basename(a), ".csv.gz"),
group = rep(c("CTCL全部评论 (0)
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