RNA测序技术用于研究基因表达模式变化
发布时间
阅读量：
阅读量
输入文件
input_v1.0.txt （三列，分别是 *.1.fastq.gz,*2.fastq.gz , *.sam）
hisat2运行参数与流程（hisat2_IWGSCv1.0.py）
#!/usr/bin/env python
# -*- coding: utf-8 -*-
__author__ = 'shengwei ma'
__author_email__ = 'shengweima@icloud.com'
import subprocess
with open('input_v1.0_1.txt', 'r') as f:
for line in f:
lin = line.strip().split()
fq1, fq2, sam = lin[0], lin[1], lin[2]
proc = subprocess.Popen(
['hisat2', '-p', '20', '--dta', '-x', '/data2/Fshare/IWGSCv1.0_hisat2/IWGSCv1.0_hiast2', '--known-splicesite-infile',全部评论 (0)
还没有任何评论哟~