RNA-seq——二、SRA数据下载及FastQC与质量控制

目录

• 一、SRA数据获取

  • 二、质量评估

  • 复制代码

    1. fastQC

    • 复制代码

      a. Tile序列质量

      • b. 基对序列组成
      • c. 序列复制水平

  • 2. multiqc

  • 三、质量控制

一、sra数据下载

可了解SRA数据下载方法的获取途径，请参阅先前的文章：RNA-seq——快速下载SRA数据

在Linux中下载方法如下：

    # 下载所需数据
    for ((i=77;i<=80;i++)) ;do prefetch -v SRR9576$i; done
    
    # 找到自己的数据存放位置，解压文件
    for((i=79;i<=80;i++));do fastq-dump --gzip --split-3 SRR9576$i.sra;done
    
    # 跨用户，把文件放到指定位置
    scp SRR9576*gz root@dzfly:/root/project/RNA/prc2/sra
    
    
    AI写代码powershell

由于aspera无法直接在root用户的环境中进行下载操作，并且我的软件程序通常被安装在我的root账户中，在现有环境下无法直接使